國立陽明大學的前身為國立陽明醫學院，創始於1975年。為培育新世代的醫學專業與尖端領域之研究人才，陽明醫學院在生物醫學領域逐步成長，並於1994年奉核改名為「國立陽明大學」。其後陸續成立生物醫學暨工程學院、生命科學院、護理學院、牙醫學院，人文與社會科學院。2008年起，原署立宜蘭醫院改制為本校附設醫院。為配合社會對高品質藥學教育和藥事服務的需求，以提升醫藥的水準，使病人得到最佳的醫療照顧，本校決議籌設藥學系，經過兩年的推動與奔走，並在學校師長及社會各界賢達的努力下，藥學系順利於2015年9月核准設立，於2016年招收第一屆6年制藥學系學生。2021年2月1日，國立陽明大學和國立交通大學合併為國立陽明交通大學，自此本系成為【國立陽明交通大學藥學系】。
