民國103年1月國立陽明大學首次向教育部申請成立藥學系，於民國104年9月獲教育部核准成立新制 (6年制) 藥學系，授予畢業生【臨床藥學士】學位 (Doctor of Pharmacy, Pharm.D.)。本系於105年8月正式啟動，林滿玉教授擔任創系主任 (105-111)，同年9月迎接第一屆【國立陽明大學藥學系】新生入學。為培養進階藥學專業與研發人才，本系於108學年向教育部申請並獲准開設藥學系碩士班。整合醫學院藥理所既有之臨床藥學組(民國97年成立)和藥劑組(民國104年成立)，碩士班分為: (甲)藥物科技組、(乙)臨床藥學組及(丙)社會與管理藥學組，109學年第一屆碩士生入學。民國110年2月1日，國立陽明大學和國立交通大學合併為國立陽明交通大學，自此本系成為【國立陽明交通大學藥學系】，民國111年6月本系歡送第一屆學士班與碩士班學生。
