宗旨：培養進階的藥學專業人才
藥學系碩士班涵蓋藥學科技、臨床藥學及社會與管理藥學等三大領域的教育和研究，培養具生技醫藥研發、臨床專業服務、法規行政科學之學生，成為與國際接軌的藥學人才。
碩士班課程及學分數
| 藥物科技(學分數) | 臨床藥學 (學分數) | 社會與管理藥學(學分數) | |
| 【一上】 藥物科技研究方法(英2) 進階藥物科學(英2) | 【一上】 用藥安全與醫藥政策特論(2) 高等藥物治療學(6) 細胞色素P450藥物代謝特論(1) | 【一上】 衛生行政與健康保險(2) 藥物流行病學(2) 藥事經濟學(2) | |
| 【一上】 藥理學(2) 分子生物學(2) 生物藥學通論(2) | 三 選 一 | ||
| 【一下】 應用藥物科學(2) | 【一下】 臨床藥學專科實習[一] (3) 藥物基因體學與臨床應用(1) | 【一下】 健康資料分析與應用(2) | |
| 【一下】 藥理學(2) 細胞生物學(2) 生物藥學特論(2) 轉譯生物學之實際應用(2) | 四 選 一 | ||
| 【二上】 | 【二上】 臨床藥學專科實習[二] (3) | 【二上】 | |
| 專題討論(1)-(4) | 專題討論(1)-(4) | 專題討論(1)-(4) | |
| 必修共14學分 | 必修共 20學分 | 必修共12學分 | |
| 論文共6學分 | 論文共6學分 | 論文共6學分 | |
| 畢業學分至少30學分 | 畢業學分至少30學分 | 畢業學分至少30學分 |
碩士班修業及修課規定
| 學年度 | 修業規章 | 修課規定 |
| 112 | 碩士班112學年度修業規章 | 碩士班112學年度修課規定 |
| 111 | 碩士班111學年度修業規章 | 碩士班111學年度修課規定 |
| 110 | 碩士班110學年度修業規章 | |